È nel progetto di riordinamento delle Riformagioni elaborato da Giovan Francesco Pagnini nel 1776 che il carteggio della Signoria appare riunito in un unico complesso documentario corrispondente allora alla Classe II, "Lettere Interne ed Esterne". Nel 1793, poi, il successore del Pagnini alle Riformagioni, Filippo Brunetti, nell'inventario da lui redatto assegnò la documentazione alla Classe X "Carteggio universale della Repubblica Fiorentina", Distinzioni I "Lettere scritte dalla Signoria di Firenze, o sia dal Sommo Magistrato della Repubblica" e II "Lettere scritte alla medesima". Giunto poi all'Archivio Centrale di Stato di Firenze il complesso documentario venne organizzato nel fondo "Signoria - Carteggio" della sezione Governo della Repubblica, acquisendo una configurazione pressoché definitiva - confermata anche da Demetrio Marzi nel suo studio sulla Cancelleria della Repubblica fiorentina -, dalla quale ben poco si discosta quella attuale.

La concreta realizzazione e tenuta di tutte queste scritture era curata dalla Cancelleria del Comune. A partire dalla fine del Duecento – secondo le fonti - possiamo iniziare a parlare di una vera e propria Cancelleria, costituita da personale di matrice notarile, e organizzata intorno a tre figure principali: il notaio dei Priori, che si occupava della redazione dei loro atti; il notaio delle Riformagioni che si occupava della redazione delle discussioni e delle deliberazioni dei consigli legislativi e dagli anni Trenta del Trecento anche degli atti relativi alla procedura elettorale; il notaio dettatore che, a capo della cosiddetta "Cancelleria delle lettere" si occupava della redazione delle lettere indirizzate dai Priori all’interno e all’esterno. Forse questa documentazione aveva già iniziato ad essere organizzata in serie embrionali di missive e responsive, interne ed esterne, quando, il 21 febbraio 1374, si stabilì, su petizione del notaio delle Riformagioni, di eleggere un secondo notaio, nella persona di Coluccio Salutati, che lo aiutasse nel disbrigo delle procedure elettorali. Il 22 giugno 1376 Salutati venne anche eletto cancelliere dettatore del Comune senza perdere l’incarico di notaio delle tratte che da questo momento sarà unito all’ufficio di notaio cancelliere. A partire dalla nomina di Salutati a cancelliere dettatore del Comune iniziò un processo di strutturazione dell’ufficio, in particolare delle attività connesse alla tenuta della corrispondenza diplomatica della Signoria.
Il 28 luglio 1378 l’Ufficio delle tratte ricevette una sua strutturazione ufficiale separata dall’Ufficio del notaio delle Riformagioni, ma sempre inserito nell’ufficio del Cancelliere dettatore del Comune. Dal 1406 in avanti il compito di notaio delle tratte fu affidato in modo saltuario ad un altro notaio che solo tra il 1430 e il 1440 diventò un officiale stabilmente autonomo al quale venne anche assegnata una collocazione sua propria nel Palazzo della Signoria, separata da quella delle Riformagioni. Tra il 1437 e il 1483 la Cancelleria delle lettere trovò la sua definitiva e stabile organizzazione e da quest’epoca i suoi funzionari presero anche il nome di "Ufficiali di palazzo". A partire da una prima riforma promossa da Leonardo Bruni, si arrivò quindi a sdoppiare la vecchia generalista "Cancelleria delle lettere" in due uffici specializzati: la Prima cancelleria - con a capo il Cancelliere vero e proprio del Comune - che fu responsabile della corrispondenza con gli stati esteri e con i personaggi fuori del dominio e non sudditi della Repubblica; la Seconda cancelleria - con a capo un secondo Cancelliere – che fu responsabile delle lettere interne dello Stato fiorentino. Ognuna di queste poi ebbe un numero variabile di collaboratori, segretari e coadiutori. I segretari, che potevano anche essere notai, non si limitavano a svolgere mansioni esecutive, ma venivano anche impiegati nella gestione di affari di minore importanza. I coadiutori, invece, avevano esclusivamente compiti esecutivi, come la copiatura delle lettere.
Dal punto di vista archivistico questo fatto portò alla creazione di una serie apposita di missive della Seconda cancelleria, mentre le altre serie documentarie continuarono a svilupparsi regolarmente.
La Cancelleria subì nel corso del tempo un processo evolutivo parallelo a quello della Signoria. I suoi ufficiali da tecnici, semplici registratori di una volontà politica, piena nei fatti ma imperfetta dal punto di vista giuridico - e per questo motivo venivano reclutati nel ceto notarile - divennero progressivamente figure anche di spessore politico, per cui l’aspetto tecnico giuridico poteva passare in secondo piano rispetto alla capacità di comporre testi che in alte forme retoriche sapessero veicolare i segni e i significati di una politica e di un'ideologia. Figura cerniera di questo percorso evolutivo fu senz’altro il notaio e umanista Coluccio Salutati, cui seguirono nel corso del Quattrocento altri importanti personalità dell’Umanesimo come Leonardo Bruni, Poggio Bracciolini, Bartolomeo Scala, Marcello Adriani e Niccolò Machiavelli. Inoltre, nel corso di questo processo, queste figure, e in particolare il notaio delle Riformagioni e il Cancelliere dettatore, vengono dilatando nel tempo la durata dei loro incarichi, giungendo a diventare l’elemento che assicurava la continuità amministrativa e, da un certo momento in poi, anche politica del Comune di fronte al rapido variare delle magistrature e particolarmente dei Priori, diventando in questo modo anche il nucleo aggregatore di una burocrazia comunale centrale.