Pochi anni più tardi, durante il breve periodo della dominazione francese, la custodia degli archivi giudiziari fiorentini passò al cancelliere della Corte d'appello. Dal punto di vista della conservazione, nonostante le disposizioni di legge emanate al riguardo, i fondi non furono mai accorpati agli altri complessi archivistici prodotti nel corso della storia dello Stato fiorentino e allora riuniti nel Bureau d'archives générales - poi Conservation générale des archives de Toscane -, creato il 20 maggio 1808 e posto sotto la direzione di Luigi Lustrini. È presumibile tuttavia che durante gli anni della dominazione francese la documentazione giudiziaria incominciasse a concentrarsi in alcuni storici locali fiorentini come il Teatro Mediceo e spazi attigui degli Uffizi dove successivamente sarebbe stato trovato parte del deposito degli atti civili.
Venuto meno l'impero napoleonico, con la Restaurazione fu abolito ogni provvedimento preso dal governo francese anche in materia di archivi: così, tutte le carte avrebbero dovuto essere restituite agli uffici di competenza, sorte che tuttavia non toccò ai documenti di carattere giudiziario per non essere di fatto mai confluiti nella Conservation générale allora abolita. Negli anni Cinquanta dell'Ottocento, prima del suo arrivo al Centrale di Stato, la documentazione costituente in generale gli archivi giudiziari prodotti a partire dall'età repubblicana risulta esser stata tutta di competenza della Presidenza della Corte regia d'appello di Firenze (organo istituito con motuproprio del 2 agosto 1838). Pe quanto riguarda la collocazione degli atti, invece, vi era una distinzione di sedi a seconda della loro natura civile o criminale. I primi, infatti, erano depositati nell'ex chiesa di San Pier Scheraggio e nel Teatro Mediceo situato nella fabbrica vasariana degli Uffizi, i secondi, invece, erano custoditi, come sopra accennato, nel palazzo del Bargello, allora detto degli Otto o del Podestà. Le carte giudiziarie che datavano a partire dall'epoca comunale giunsero dunque al Centrale di Stato grazie a due principali versamenti avvenuti in momenti diversi, il primo (1853) riguardante gli atti civili, il secondo (1855) relativo agli atti criminali (fra i quali, appunto, le carte degli Otto di guardia e balìa). In entrambi i casi, secondo le disposizioni del soprintendente Francesco Bonaini, la documentazione del periodo repubblicano fu enucleata dal resto delle carte giunte in archivio e destinata alla sezione denominata "archivio storico" del Centrale di Stato, dove presumibilmente fu organizzata per magistrature conservando la distinzione fra tipologie (atti civili o criminali) all'interno di ciascuna aggregazione.
Dopo l'unità d'Italia si verificarono ulteriori versamenti, di entità minore, che in genere andarono ad integrare i fondi già costituiti. Intorno alla metà degli anni Settanta dell'Ottocento, all'epoca in cui fu direttore Cesare Guasti, i fondi dell'Archivio furono riorganizzati e ricollocati secondo una logica di tipo funzionale. In tal modo tutte le carte prodotte dalle magistrature giudiziarie fiorentine furono riaggregate in successione cronologica dal periodo repubblicano fino alla produzione più recente. Così, a partire dal 1876 tali fondi andarono a far parte della Divisione VIII dell'Archivio di Stato fiorentino relativa all'amministrazione della giustizia. L'ultima riorganizzazione si ebbe infine agli inizi del Novecento quando i giudiziari preunitari furono di nuovo isolati e collocati nella sezione IV (archivi finanziari e giudiziari della Repubblica e del Principato), salvo l'eccezione dell'archivio del Magistrato dei pupilli che fu collocato nella sezione V, insieme ai fondi degli enti di assistenza e delle compagnie religiose soppresse.
Tutti questi complessi archivistici, compreso quello degli Otto di guardia e balia, rimasero gravemente danneggiati nell'alluvione del 1966. In seguito agli interventi di recupero, riconoscimento e restauro, in cui ebbe un ruolo fondamentale il Committee for the Rescue of Italian Art (CRIA), la documentazione fu comunque in buona parte reintegrata. Le operazioni, tuttavia, non poterono in certi casi ripristinare esattamente la situazione iniziale tanto che ancora oggi molti pezzi del fondo degli Otto non sono disponibili alla consultazione.