I trasferimenti ebbero termine infine nel 1852-1853, quando Archivio dei monti riuniti e demanio e Archivio delle Riformagioni furono infine versati nell'Archivio centrale di Stato.
L'arrivo in un'unica sede non significò per la documentazione del Monte comune un'immediata riunificazione. La diversa provenienza e lo schema periodizzante dato dal Sovrintendente Bonaini all'organizzazione dei fondi del Centrale, che prevedeva una separazione dei materiali archivistici a seconda dell'epoca storica e istituzionale durante la quale erano stati prodotti, fecero sì che le scritture del Monte comune o delle graticole si consolidassero in due corpi documentari, il Monte comune e il Monte delle graticole, assegnati l'uno alla "Divisione della Repubblica e archivi annessi", l'altro alla "sezione amministrativa" della "Divisione del Principato".
Nel primo, cui fu dato il nome di Monte comune, confluirono le unità archivistiche del Monte comune conservate fino ad allora nell'"Archivio generale" proveniente dalle Riformagioni e quelle del Monte comune incluse nell'"Archivio segreto" e giunte al Centrale dall'Archivio dei monti riuniti e demanio.
Alla "Divisione del Principato" furono invece destinate le scritture del Monte precedentemente incluse nel settore "Archivio del Monte" dell'Archivio dei Monti riuniti e demanio, cui fu assegnata la denominazione di Monte delle graticole. Mentre questo nucleo (corrispondente all'attuale Parte I) veniva dotato dall'archivista Telemaco del Badia di un inventario che riproduceva, aggiornandoli, alcuni indici della fine del Settecento, il nucleo di età repubblicana (corrispondente in gran parte all'attuale Parte II) veniva sottoposto a una schedatura parziale da cui non si trasse uno strumento di ricerca specifico.
L'aspetto attuale del fondo, con la sua tentata riunificazione, risale probabilmente agli anni settanta-ottanta dell'Ottocento, all'epoca del direttore Cesare Guasti. In conformità con le direttive generali stabilite per l'organizzazione degli Archivi di Stato si rivide l'organizzazione dei fondi, privilegiando non più le istituzioni ma le funzioni, in questo caso finanziarie, dei soggetti produttori.
Nonostante il riconoscimento della loro comune appartenenza a un unico complesso, tuttavia, i due nuclei documentari continuano a mantenere un ordinamento indipendente e strumenti di ricerca distinti.
Per il fondo del Monte comune di età repubblicana, si deve a Anthony Molho la compilazione, tra la fine degli anni sessanta e l'inizio dei settanta del Novecento, di uno strumento di descrizione che per oltre quarant'anni, dal 1972, ha rappresentato l'unica forma di inventariazione a disposizione degli studiosi. A partire dal 1997 è stato avviato un progetto di schedatura, coordinato da Vanna Arrighi e Giovanni Ciappelli, che ha portato alla redazione di un inventario sommario, completato nel 2017, che, a differenza dello strumento di Molho, ricostruisce sulla carta le serie costitutive della sezione Parte II.
Una terza sezione si distingue infine nel fondo attuale del Monte comune, quella cioè costituita dalle copie dei registri di campioni del catasto (sec. XV), dotata anch'essa di ordinamento e inventario autonomi.