La suddivisione in due nuclei ebbe conseguenze sulla successiva gestione archivistica. La parte della documentazione anteriore alla creazione del Principato, infatti, fu coinvolta nelle operazioni di schedatura che nella seconda metà del XIX secolo riguardarono i fondi repubblicani. Fu forse in quella circostanza che alcuni dei registri più antichi della Camera dell'arme passarono in altri complessi. Sembrerebbe provare tali migrazioni il confronto tra gli inventari di fine Settecento e le schede compilate dagli archivisti del Centrale: alcuni registri risalenti alla metà del XIV secolo che prima si trovano attribuiti alla Camera dell'arme, risultano poi far parte della Camera del comune.
Per quanto riguarda la documentazione di epoca medicea e lorenese, invece, la si trova menzionata una prima volta nella relazione Vazio del 1882, dove si riferisce che nel 1877 erano state riordinate alcune serie del Monte comune tra cui quella dei "Quaderni di cassa della Camera dell'Armi". A quanto pare quindi, le carte, per la loro natura prevalentemente amministrativa, erano state sistemate nella sezione che accoglieva i fondi finanziari. Nel 1922, anche questo nucleo fu dotato di un suo inventario sommario, compilato da Antonio Anzilotti.
In seguito fu compiuto il ricongiungimento, per lo meno materiale, dei due corpi documentari prodotti dalla Camera dell'arme, i quali comunque tutt'oggi mantengono strumenti di corredo e ordinamento indipendenti.