Danneggiato di nuovo, sebbene in misura minore, dall'alluvione del 1557, nel 1559 l'archivio degli atti della Camera, e con esso la documentazione della Camera del comune, fu riformato divenendo l'Archivio della Camera fiscale. Abolita quest'ultima nel 1780, il nucleo della Camera del comune e buona parte dei fondi documentari di epoca repubblicana e granducale fino ad allora ad esso aggregati passarono all'Archivio dei monti, dove risulta che fossero inseriti nella sezione denominata "Archivio generale". Tutta la sezione, e con essa l'antico archivio della Camera del comune, fu successivamente assegnata all'Archivio dei monti riuniti e demanio (1829) e, nel 1846, all'Archivio delle Riformagioni, poco prima di arrivare all'Archivio centrale di Stato. Qui l'"Archivio generale" fu sistemato nella "Divisione della Repubblica" e sottoposto ad una revisione in seguito alla quale si decise di enuclearne alcuni complessi documentari che apparivano dotati di una propria individualità. Tra questi, il fondo della Camera del comune fu reso autonomo e, nella seconda metà dell'Ottocento, insieme ad altri complessi della medesima divisione fu sottoposto ad un'operazione di schedatura e riordinamento sotto la direzione di Alessandro Gherardi. Fu durante questo intervento che il complesso acquisì l'aspetto attuale, con la distinzione in serie organiche e ordinate.
In effetti, a parte una revisione del 1882, di cui si è informati dalla coeva "Relazione sugli Archivi di Stato italiani" del direttore capo Vazio, l'archivio della Camera del comune non subì ulteriori, significative alterazioni.