Ma una successiva relazione del 1908 di Adriano Cappelli, direttore dell'Archivio di Stato, indica che parte della documentazione, presumibilmente quella già conservata presso l'Archivio di Stato, era stata oggetto di un primo riordinamento. Giovanni Drei, nel 1941, nella sezione dedicata al carteggio dei governatori ricorda il fondo come costituito da un centinaio di buste, ma ne segnala altre 500 conservate nella sede sussidiaria presso l'ex chiesa del Carmine. Verosimilmente queste buste facevano parte del versamento del 1904 e solamente nell'ottobre del 1985, data dello sgombero del cosiddetto ex Carmine, furono trasportate nella sede di Via D'Azeglio. Le diverse e ampie funzioni dei Governatori in età farnesiana e borbonica lasciano dedurre che in realtà la documentazione prodotta da questo magistrato fosse molto più ricca e non si esclude che parte del materiale possa essere, nel complesso documentario composito attualmente definito Atti giudiziari. Inoltre, documentazione chiaramente riconducibile al Governatore viene spesso reperita tra i documenti del cosiddetto Bombardato, cioè l'agglomerato di documenti recuperati dopo bombardamenti della Pilotta nel 1944.