Non pochi degli atti inoltre andarono ad impinguare le diverse collezioni di autografi, classificati magari sotto le voci più strane. Di altri si scorporarono le posizioni, adoperando magari il verso del foglio originale di protocollazione recante i numeri, le date e i riferimenti per altri usi.
Sullo scorcio del 1917 si diede inizio alle operazioni di riordinamento del fondo, affidate dapprima a diversi impiegati e proseguite poi in particolare da Achille Giussani, allora "primo aiutante".
Venne realizzato un inventario numerico delle posizioni costituenti gli Atti segreti della Presidenza di Governo durante la Restaurazione, allo scopo di assicurare la consistenza in vista di un possibile temporaneo trasferimento delle carte stesse altrove per maggior sicurezza.
Il timore per i danni che la documentazione avrebbe potuto subire se fosse rimasta a Milano durante il primo conflitto mondiale consigliava, infatti, il trasferimento; e l'inventariazione (prima dello spostamento delle carte) si rendeva necessaria in quanto l'archivio aveva già subìto stravolgimenti, danni ed estrapolazioni. In parte per le vicende esterne a cui questo archivio andò soggetto, in parte in conseguenza degli ordinamenti per materia, l'antica consistenza del fondo subì forti diminuzioni; non è pur troppo probabile che si possa ancora rintracciare quanto andò perduto prima che questi atti fossero versati nel nostro archivio; ma ben potrà esservi restituito quanto è sparso specialmente nelle vecchie raccolte Autografi e Miscellanea storica. Un danno minore fu prodotto dal fatto che non si conserva più la disposizione originaria, in cui gli atti si riattaccavano al primo numero con cui la rispettiva pratica si era iniziata; a questo scompiglio il signor Giussani pose rimedio parallelamente alla compilazione dell'inventario suddetto.
Allora, tuttavia, le operazioni di inventariazione furono portate avanti solo fino alla busta 154, e cioè sino all'anno 1831. Poi il mutarsi favorevole delle vicende belliche consigliarono di interrompere i lavori - intrapresi in tutta fretta - a vantaggio di altri fondi.
Svanito ogni pericolo con la fortunata controffensiva del Piave e più ancora con lo sbaragliamento dei nemici a Vittorio Veneto, si credette opportuno di sospendere un lavoro che, dato lo scopo immediato urgente, non poteva essere condotto con gli intendimenti richiesti da un inventario definitivo. Ci si ripropose, per il futuro, di procedere alla restituzione alla loro sede dei documenti ora in varie raccolte.