L'autorità ecclesiastica tendeva (a seconda dei casi) a promuovere, a controllare o a scoraggiare la nascita o lo sviluppo di una confraternita; generalmente richiedeva che essa fosse presieduta da un esponente del clero. Questa tendenza si rafforzò in età controriformistica, quando i vescovi cercarono di rafforzare il proprio controllo sulle confraternite, anche condizionandone le forme statutarie. In particolare, per rafforzare l'unità confessionale, si cercò di organizzare la devozione del laicato diffondendo in tutte le parrocchie le confraternite del Santissimo Sacramento e della Dottrina Cristiana, (quest'ultima per garantire una capillare istruzione catechistica).
In alcune realtà istituzionali di antico regime le confraternite, in quanto espressione di autonoma devozione e spiritualità laicale, assunsero carattere di autonomia rispetto al contesto ecclesiastico, integrandosi piuttosto in modo originale con le strutture assistenziali dei diversi governi, che provvedevano anzi al loro controllo attraverso particolari magistrature.
In genere, nel corso del XVIII e XIX secolo, l'attività caritativa delle confraternite fu dapprima ostacolata e poi sostanzialmente impedita dagli Stati, che assorbirono le competenze in campo ospedaliero e assistenziale, sequestrando i patrimoni e destinandoli alle nuove strutture pubbliche (per questo spesso gli archivi di confraternite si trovano nei fondi delle "congregazioni di carità"). D'altro canto, la stessa Chiesa vedeva nella pluralità delle confraternite un ostacolo alla solidità delle strutture parrocchiali. Nell'Ottocento dunque sopravvissero e anzi rifiorirono solo le confraternite di carattere devozionale, spesso legate al culto mariano, saldamente collegate alle strutture diocesane (per cui i loro fondi archivistici si trovano annessi agli archivi parrocchiali).