Nelle province di seconda recupera, Bologna e Romagne e Marche, che avevano fatto parte del Regno d'Italia, e Benevento, già appartenente al Regno di Napoli - territori riconsegnati al pontefice con l'atto finale del congresso di Vienna - un editto del 5 luglio 1815 del segretario di Stato card. Ercole Consalvi pubblicò norme diverse da quelle dell'editto Rivarola, molte delle quali rimasero poi alla base della restaurazione pontificia. Consalvi istituì governi provvisori nelle tre legazioni (Bologna, Ferrara, Forlì), nelle Marche (Ancona, Macerata e Fermo) e ducato di Camerino e nel ducato di Benevento, mentre il territorio di Pontecorvo fu dato al preside di Frosinone (art. 1); tali governi furono affidati a congregazioni governative residenti nei capoluoghi e presiedute da un prelato, alle cui dipendenze erano posti i commissari pontifici preposti agli istituti già prefetture napoleoniche, i presidenti dei tribunali, i capi delle forze armate (artt. 2 e sgg.) e che dipendeva direttamente dalla Segreteria di Stato (art. 15). Furono aboliti i codici civile, penale e di procedura, ma si mantennero il codice di commercio ed i tribunali commerciali (artt. 22-34) e fu conservata altresì la legislazione ipotecaria. Con lo stesso editto furono dichiarati "provvisoriamente" istituiti tribunali di prima istanza in tutti i luoghi in cui fossero già presenti, mantenendo, in realtà, i tribunali preesistenti, composti da tre giudici competenti in primo grado per le cause di valore superiore ai cento scudi e in secondo grado per le sentenze pronunciate dai giusdicenti locali. Furono conservati anche i due tribunali di appello, uno a Bologna, l'altro in Ancona (art. 36): per sentenze difformi il terzo grado sarebbe stato portato dinanzi alla Rota romana per somme rotali, dinanzi all'altra sezione dello stesso tribunale di appello per le cause minori (art. 37); da Benevento e Pontecorvo l'appello era portato dinanzi alla Rota (art. 38). Il tribunale romano di Segnatura sostituì il napoleonico tribunale di cassazione (art. 39-41). Le cause minori penali sarebbero state giudicate dai giusdicenti locali, le maggiori da un tribunale criminale che avrebbe anche giudicato in appello le minori (artt. 49-50); l'appello delle cause maggiori sarebbe stato portato dinanzi ai tribunali di appello di Bologna e Ancona, a numero pieno di sette giudici e con la presenza di due assessori criminali (art. 51).
Il governo pontificio affrontò in modo piuttosto reazionario il periodo della Restaurazione, alienandosi i consensi anche degli elementi più moderati della popolazione, come si vide già nel moto del 1831.
La politica di apertura tentata da papa Pio IX nel triennio 1846-1848, culminata il 14 marzo 1848 nella concessione dello «Statuto fondamentale pel Governo temporale degli Stati di S. Chiesa», che istituiva due camere legislative - Alto Consiglio e Consiglio dei Deputati - e apriva le istituzioni legislative ed esecutive ai laici, ebbe però esito negativo. Dopo l'esperienza della Repubblica romana del 1849, l'amministrazione pontificia accentuò i suoi aspetti autoritari, sebbene avviasse un'opera di risanamento finanziario che portò in otto anni al pareggio di bilancio.
Il decennio successivo al 1850 vide una crescita economica costante e la realizzazione o il completamento di numerose opere pubbliche, come il prosciugamento di paludi, l'ampliamento dei porti, la costruzione di strade e ferrovie, il completamento della rete telegrafica. Però, a fronte della progressiva crescita del movimento nazionale in tutta la Penisola, nello Stato della Chiesa non fu elaborata alcuna strategia di rinnovamento, né sul terreno spirituale, né su quello strettamente politico-diplomatico e così, nel biennio 1859-1860, la situazione precipitò.
Le prime a sollevarsi e ad esprimersi a favore dell'annessione al Regno di Sardegna furono le Legazioni; seguirono le Marche e l'Umbria, invase dall'esercito sabaudo guidato da Vittorio Emanuele, e chiamate a decidere con il plebiscito del novembre 1860. Il territorio dello Stato della Chiesa si ridusse così al solo Lazio, difeso dalla forza militare francese di Napoleone III, che respinse nel 1867, a Mentana, il tentativo di marcia su Roma delle truppe garibaldine.
Quando infine, nel 1870, il regime bonapartista fu travolto dalle armate prussiane, nessuno Stato europeo intervenne a impedire l'attacco delle truppe italiane a Porta Pia il 20 settembre 1870, né l'esercito pontificio ebbe la forza di resistere. Con l'annessione di Roma al Regno d'Italia lo Stato della Chiesa cessò di fatto di esistere.