Negli anni della ricostruzione e della trasformazione dell'Italia da paese agricolo a paese industrializzato si mantenne l'importanza della Presidenza del consiglio come organismo di coordinamento politico e di promozione economica. Vennero costituiti, nel suo ambito, vari comitati: il Comitato interministeriale per la ricostruzione (CIR) per coordinare, nel quadro del Piano Marshall, piani economici e finanziari in l'attuazione dei programmi ERP (European Recovery Program); il Comitato interministeriale prezzi; il Comitato interministeriale per il credito e il risparmio (istituito dal 1936); il Comitato per le opere straordinarie di pubblico interesse nell'Italia meridionale; la Cassa per il Mezzogiorno; analogo comitato per le opere straordinarie di interesse pubblico nell'Italia settentrionale e centrale. Il Ministero dell'interno svolse un ruolo determinante nel controllo dell'amministrazione provinciale e comunale e nella conservazione dell'ordine pubblico, anche nei momenti di più grave tensione politica e sociale, anche se, progressivamente, le sue funzioni si ridussero a vantaggio della Presidenza del consiglio, tranne per quanto attiene alla pubblica sicurezza. A livello territoriale le prefetture riconquistarono funzioni che erano state sottratte dalle Federazioni provinciali del Partito nazionale fascista, mentre le questure e i carabinieri recuperarono compiti che avevano condiviso con la Milizia volontaria per la sicurezza nazionale e con gli uffici politici del PNF. Comuni e province tornarono ad avere organi elettivi ed ampliarono le loro competenze, diventando politicamente più forti, ma restando fortemente condizionati dal centro: proprio il controllo sull'attività amministrativa degli enti locali e delle istituzioni pubbliche di assistenza e beneficenza era tra le funzioni prioritarie dei prefetti. Le prefetture, tuttavia, persero alcune attribuzioni per il moltiplicarsi degli uffici periferici dei ministeri (già dal periodo liberale), per l'attuazione dell'ordinamento regionale e, più recentemente, per la maggiore autonomia degli enti locali e il ruolo più incisivo del sindaco. Più radicali sono state, nel corso dei decenni, le trasformazioni a livello centrale e periferico delle istituzioni preposte alle funzioni economiche e sociali, in particolare per quanto riguarda l'economia, la protezione sociale, la sanità, l'ambiente e l'istruzione. In una prima fase, fermo restando il carattere accentrato dell'amministrazione, l'accentuazione delle funzioni riconosciute come pubbliche portò a una pluralizzazione del centro, con il diffondersi delle nazionalizzazioni e la creazione di enti pubblici non statali: si confermarono l'IRI (Istituto per la ricostruzione industriale) e l'AGIP - creati durante il fascismo - e furono istituiti la Cassa per il Mezzogiorno, l'ENI (Ente nazionale idrocarburi), l'EFIM (Ente per il finanziamento dell'industria manifatturiera), l'ISPE (Istituto di studi per la programmazione economica), la CONSOB (Commissione nazionale per le società e la borsa) e si sviluppano le partecipazioni statali, che portarono alla creazione nel 1956 di un apposito ministero.
Dal 1970 al 1990 vi fu un ulteriore ampliamento delle funzioni pubbliche: fu creato il Servizio sanitario nazionale ed istituiti il Ministero per l'ambiente e quello per l'università e la ricerca scientifica. Crebbero ancora le funzioni della Presidenza del consiglio, riordinata nel 1988, presso cui si costituirono, come veri e propri apparati ministeriali, il Dipartimento per la funzione pubblica e quello per il Mezzogiorno. Oltre ad altri importanti enti pubblici, come l' ISVAP (Istituto per la vigilanza delle assicurazioni private e di interesse collettivo) e l'Ente ferrovie dello Stato, furono istituite nuove figure istituzionali come le autorità amministrative indipendenti: Garante per la radiodiffusione e l'editoria, Autorità per l'Adriatico (di incerta natura giuridica). In periferia si moltiplicarono gli uffici periferici dello Stato e organismi misti, quali le agenzie per l'impiego e le autorità di bacino. Dopo un primo ritocco nel 1964, venne modificata radicalmente nel 1978 la materia dei bilanci pubblici; diminuirono i controlli preventivi per Stato, Regioni, Province e Comuni, si introdussero controlli interni e si ampliarono quelli successivi. Dopo l'elezione dei consigli, nel 1970, delle 15 Regioni a statuto ordinario si avviò nel 1972 il trasferimento dei alcune funzioni dello Stato e di enti pubblici nazionali alle Regioni che si protrasse fino alla fine degli anni Settanta. Le Regioni assunsero potestà legislativa e un proprio incisivo ruolo nei processi di programmazione economica e nei rapporti con gli enti locali. Venne quindi istituito il Sistema statistico nazionale, quale organismo di raccordo tra Stato, Regioni ed enti nazionali e locali.
A partire dal 1990 si avviarono molti cambiamenti amministrativi: dalla legge sulla trasparenza del procedimento amministrativo a quelle sul personale e la modernizzazione e sui controlli, alle leggi per gli enti locali, che ne accentuarono l'autonomia, e per le camere di commercio, cui venne attribuita potestà statutaria (riconosciuta dal 1989 anche all'Università), ai nuovi ordinamenti sulle acque, sulle strade, sulla sanità. Vennero istituite altre autorità indipendenti: Autorità per la regolazione dei servizi di pubblica utilità, Autorità garante della concorrenza e del mercato, Autorità per le garanzie nelle telecomunicazioni, Commissione di garanzia dell'attuazione della legge sullo sciopero nei servizi pubblici essenziali, Garante dei dati personali, Autorità per l'informatica. Hanno trovato larga diffusione le agenzie, una sorta di evoluzione delle precedenti aziende autonome, enti dotati di ampia autonomia e di carattere operativo, che perseguono interessi pubblici e possono far capo a diverse amministrazioni pubbliche; a volte caratterizzati come enti pubblici, ma anche qualificati come organi dello Stato o delle Regioni, dotati però di personalità giuridica. Si segnalano l' ASI (Agenzia spaziale italiana), l' AGEA (Agenzia per le erogazioni in agricoltura) che ha sostituito l'Azienda di Stato per gli interventi sul mercato agricolo, l'ARAN (Agenzia per la rappresentanza negoziale della Pubblica amministrazione), l'Agenzia nazionale per la protezione dell'ambiente, l'Agenzia per i servizi sanitari regionali, l'Agenzia per la proprietà industriale, l'Agenzia per i trasporti terrestri, le Agenzie fiscali, ecc. Con i referendum del 1993 si soppressero alcuni ministeri e, con il mutamento delle leggi elettorali, si introdusse un sistema maggioritario, più volte rivisto, per le elezioni politiche e per quelle delle Regioni, delle Province e dei Comuni, con forti differenze territoriali.
Già negli anni Settanta si era provveduto alla soppressione di molti enti considerati "inutili"; con norme del 1990 le banche pubbliche furono trasformate in istituzioni private e, dal 1993, molti enti pubblici economici divennero società per azioni ed enti pubblici previdenziali si modificarono in associazioni o fondazioni. Con la legge 15 mar. 1997, n. 59, e successive modifiche, fu dato ampio impulso al decentramento, con il passaggio a Regioni ed enti locali di funzioni dello Stato, riducendo anche il numero dei ministeri con continui accorpamenti e disaggregazioni di competenze, cambiamenti di denominazioni e riorganizzazioni interne. Nel 2001, con la riforma del Titolo V della Costituzione, è stata ampliata la potestà legislativa delle Regioni e si è fortemente limitato l'ambito di intervento dello Stato.