Nel 1804, intanto, in Francia era entrato in vigore il Codice civile, cui seguirono il Codice di procedura civile (1807), il Codice di commercio (1807), il Codice di istruzione penale (1809) e, infine, il Codice penale (1810). Nelle forme prescritte dal Codice Napoleone (nome assunto nel 1807 dal Codice civile), venne esteso a tutti i dipartimenti italiani dell'Impero lo "stato civile", mentre in Piemonte, già con provvedimento del 1798 era stata affidata al maire la conservazione dei registri, prima affidati ai parroci.
Con il trattato di Fontainebleau del 27 ottobre 1807, stipulato tra Napoleone e la Spagna, si pose fine al Regno d'Etruria e si decretò, di fatto, l'annessione all'Impero degli ex territori granducali, già assegnati ai Borbone di Parma. Nel mese di dicembre 1807 l'intendente del tesoro per i dipartimenti d'Italia, Dauchy, venne inviato a Firenze in qualità di Commissario imperiale per avviare l'attività di inserimento di tali territori: venne così costituita una Giunta straordinaria di governo e il gen. Menou assunse la carica di Governatore generale; furono anche riorganizzati i comandi militari dei commissariati di Livorno, Pisa e Siena e della Provincia inferiore (Grosseto), assegnando loro solo funzioni civili. Il 4 febbraio 1808 venne costituita una Commissione per procedere alla verifica e liquidazione dei debiti della passata Corte. Si avviò anche la soppressione di numerose istituzioni come il Dipartimento giurisdizionale e, il 9 marzo 1808, il Senato, cui seguirono il Concistoro senese, il 18 marzo 1808 il Consiglio di Stato, poi l'Avvocatura regia, la Consulta di grazia e giustizia, la Depositeria generale, la Giunta di revisione. Con decreto 24 mar. 1808, si procedette alla soppressione delle corporazioni religiose, salvo alcune eccezioni. La Giunta straordinaria operò alla semplificazione della normativa francese e decise di procedere ai lavori di estimo, come già nel 1802 si era tentato nel Regno d'Etruria, riuscendo ad avviare le operazioni di catastazione. Con senatoconsulto organico del 24 maggio 1808 vennero istituiti i dipartimenti: dell'Arno, con capoluogo Firenze, dell'Ombrone, con capoluogo Siena, del Mediterraneo, con capoluogo Livorno, retti dai prefetti; furono istituiti anche i Consigli dipartimentali, circondariali e municipali e il 22 ottobre venne riconosciuta la franchigia al porto di Livorno.
Con decreto imperiale 3 mar. 1809 Napoleone nominò sua sorella Elisa Baciocchi, consorte del sovrano del Principato di Lucca e di Piombino, granduchessa di Toscana, attribuendole le funzioni di sorveglianza generale su tutte le autorità militari, civili e amministrative, senza tuttavia poter modificare alcun ordine dell'imperatore, restando l'effettiva direzione dello Stato agli alti funzionari dell'Impero. Elisa arrivò a Firenze il 1° apr. 1809, ove trovò in attività la Giunta straordinaria e un Consiglio straordinario di liquidazione, istituito da poco con decreto imperiale 31 dic. 1808, incaricato di estinguere i debiti del precedente periodo. Tra le varie misure, l'amministrazione del debito pubblico individuò quella della vendita dei beni ecclesiastici, cui si dette avvio; in tale ambito venne abolito anche l'Ordine di S. Stefano e i suoi beni uniti al demanio. Nel frattempo furono istituiti la Camera di commercio e la Borsa a Firenze e Tribunali di commercio a Firenze e a Livorno, oltre alla Scuola normale a Pisa.
Nel frattempo anche il Ducato di Parma, Piacenza e Guastalla, affidato fin dal 1802 ad una amministrazione francese, era stato formalmente annesso all'Impero con il senatoconsulto del 4 maggio 1808, che istituì il dipartimento del Taro, con capoluogo Parma, che includeva anche Licenza.
Un anno dopo, con il decreto di Napoleone 17 mag. 1809, fu la volta dei territori dello Stato della Chiesa non compresi nel Regno d'Italia (attuali Umbria e Lazio): dal 1° giugno venne così istituita a Roma una Consulta straordinaria per gli Stati romani, che, con decreto 15 giu. 1809, dichiarò soppressa la Camera apostolica e regolò le attribuzioni già delle Presidenze. Con successivo decreto 17 giu. 1809, la Consulta soppresse anche i tribunali pontifici, istituendo nuovi tribunali civili e, con decreto 21 giu. 1809 nuovi tribunali penali, dichiarando esplicitamente la distinzione tra le funzioni amministrative e quelle giudiziarie. Con decreto 15 lug. 1809 gli Stati romani vennero organizzati in due dipartimenti: del Tevere, con capoluogo Roma, e del Trasimeno, con capoluogo Spoleto, a loro volta articolati in circondari, divisi in cantoni e i cantoni in comuni; Roma, dichiarata "città imperiale e libera", fu capoluogo di un dipartimento che corrispondeva ai tre dipartimenti (Cimino, Tevere e Circeo) della Repubblica romana, articolato nei circondari di Roma, Frosinone, Rieti, Tivoli, Velletri e Viterbo.
Gli ultimi ad esseri annessi all'Impero furono i territori ceduti dall'Austria alla Francia nel 1809 a seguito della pace di Schoenbrunn, che andavano dalla Carinzia alla Dalmazia e formarono nella nuova compagine governativa, le Province illiriche con capitale a Lubiana, sede del Governo generale. Esse furono articolate in undici intendenze con sede a: Adelsberg (Postumia), Cattaro, Karlstadt (Karlovac), Zara, Fiume, Gorizia, Laybach (Lubiana), Neustadt (Nuovo Mesto), Ragusa, Trieste, Willach (Villaco). Nel 1810 anche il dipartimento dell'Istria, già incluso nel Regno d'Italia passò alle Province illiriche e, a seguito di una successiva riorganizzazione territoriale del 15 aprile 1811, le intendenze furono ridotte a sette: Carinzia (Willach), Carniola (Lubiana), Croazia civile (Karlovac), Croazia militare (Segna), Istria (Trieste), Dalmazia (Zara), Ragusa (Ragusa). Trieste, capoluogo dell'Istria, includeva i distretti di Trieste, Gorizia, Capodistria e Rovigno e fu retta da un intendente provinciale con poteri analoghi a quelli dei prefetti; la parte dell'Istria che da secoli apparteneva all'Austria (Contea di Pisino) venne invece unita a Fiume e le isole del Quarnaro alla Croazia civile. Con l'introduzione della legislazione francese fu riorganizzato l'ordinamento giudiziario e si introdusse la coscrizione obbligatoria, mentre il magistrato municipale fu sostituito dal maire, assistito da un consiglio (Consiglio patrizio) e dipendente gerarchicamente dalle autorità di governo. Già nell'ottobre 1813, però, le truppe austriache rioccuparono il Litorale e, dal mese successivo, le province riconquistate vennero sottoposte a un Governo provvisorio generale dell'Illirio.
Il 14 febbraio 1814 il controllo imperiale francese cessò anche a Parma, ove si costituì ugualmente un Governo provvisorio, mentre il prefetto si ritirò a Piacenza, rimasta ancora alla Francia; dopo un breve ritorno dei francesi dal 2 al 9 marzo, venne poi confermato il Governo provvisorio, esteso anche a Piacenza.
Il 20 febbraio 1814 le truppe di Gioacchino Murat, ormai nemico di Napoleone, invasero la Toscana, entrando dapprima a Livorno e il 23 successivo a Firenze. Elisa Baciocchi fuggì dalla città, rifugiandosi prima a Lucca e poi a Genova, mentre in tutto il territorio si diffondevano ribellioni contro le truppe napoleoniche. Dall'8 marzo il gen. Murat dovette accettare la presenza della flotta di lord Bentinck davanti a Livorno e, dopo lo sbarco, il solo mantenimento per sé dell'amministrazione civile della città.
Intanto, a seguito delle sconfitte subite da Napoleone ad opera delle forze alleate della sesta coalizione e dopo il loro ingresso a Parigi, il 6 aprile 1814 egli abdicò, con progressive conseguenze nei territori dell'Impero.
In base al successivo trattato di Fontainebleau dell'11 aprile 1814 e soprattutto all'art. 99 del trattato di pace concluso al congresso di Vienna (1815), i ducati di Parma Piacenza, cui venne ricongiunto anche quello di Guastalla, furono assegnati all'imperatrice Maria Luigia, salvo le terre sulla sinistra del Po; il 6 giugno 1814 venne istituita una Reggenza provvisoria in nome di Maria Luigia e il 30 giugno fu nominato un Commissario imperiale, il conte Ferdinando Marescalchi.
Intanto il 20 aprile a Parma, tra il plenipotenziario di Murat e l'inviato di Ferdinando III, venne conclusa una convenzione intesa al ritorno in Toscana degli Asburgo-Lorena e dal settembre 1814 vennero ripristinati gli organi di governo e, in parte, le strutture amministrative in funzione fino al 1808.
In Piemonte, il 27 aprile 1814, il governatore Camillo Borghese firmò con il generale austriaco Bubna una convenzione con la quale cedette il governo provvisorio delle province piemontesi e il giorno successivo, poco prima dello sbarco di Vittorio Emanuele I a Genova, lasciò Torino.
La città ligure, nel frattempo, era stata occupata dagli inglesi e il 26 aprile lord Bentinck vi aveva nominato un Governo provvisorio con potere legislativo ed esecutivo: vennero formati due collegi, Senato o governatori e Camera o procuratori, suddivisi in tre giunte, per gli affari esteri, interni, ecclesiastici. Furono anche istituiti i magistrati della guerra e marina, degli inquisitori di stato o di alta polizia, dell'università degli studi, della commissione di sanità. Con decreto 3 mag. 1814 il territorio fu diviso in sette giurisdizioni: Polcevera, Ponente, Confini occidentali, Bisogno, Levante, Confini orientali, Oltre Giogo, rette ciascuna da un Governatore, suddivise in cantoni e comuni. In base alla legge 4 mag. 1814 furono confermati i giudici di pace, i tribunali di commercio e i tribunali di prima istanza che, con diversa composizione, formarono i tribunali criminali di circondario; il tribunale criminale di Genova ebbe anche funzioni di civile e commerciale e un tribunale di cassazione. La nuova Repubblica, tuttavia, non riuscì a mantenere la sua autonomia e, nella seduta del 12 novembre 1814 del congresso di Vienna, ne venne deliberata l'annessione al Piemonte; il 26 dicembre il Governo provvisorio lasciò il potere e il 7 gennaio 1815 Ignazio Thaon di Revel, commissario plenipotenziario per l'annessione di Genova al Piemonte, ne ricevette il possesso dagli inglesi formalizzando così il suo ingresso nel Regno di Sardegna.
I territori di Roma e del Lazio e quelli umbri furono riconsegnati al pontefice nel maggio 1814, costituendo le province di prima recupera nel ricostituito Stato della Chiesa.
Dal 23 luglio 1814, infine, Trieste e il Litorale diventarono parte integrante dell'Impero austriaco.