Nella seconda metà del XVIII secolo la proprietà passò ai conti Trotti, per poi arrivare alla fine del XIX secolo all'avvocato Guido Borghi. Morto nel 1939, Borghi lo lasciò in eredità alla moglie Elisa Treves, di fede ebraica, che fu vittima delle persecuzioni razziali insieme alla figlia. Palazzo Borghi fu quindi espropriato e in seguito occupato dalla Polizia ausiliaria repubblicana nel 1943-1945 diventando sede, prima, di un Comando di guardie di pubblica sicurezza, e successivamente, dell'Ufficio politico della questura.
Nel dopoguerra, il palazzo fu occupato da molte famiglie di sfollati che causarono ingenti danni e che in seguito furono parzialmente riparati.
Soggetto al vincolo della Soprintendenza ai beni architettonici e monumentali fin dal 1910, il palazzo fu acquistato dalla Amministrazione provinciale di Ferrara nel 1955 per utilizzarlo come sede dell'Archivio di Stato. Negli anni Sessanta furono realizzati nuovi locali adibiti a deposito per la documentazione archivistica. Questi formano un'ala perpendicolare in via del Pozzo, innestata sul corpo dell'edificio principale (deposito Pozzo). L'11 settembre 2006 (Rep. n. 82 del 2006) il complesso è stato acquisito dall'Agenzia del demanio che lo ha assegnato al Ministero dei beni e delle attività culturali.

Le sale di Palazzo Borghi che hanno ospitato gli uffici, la sala studio e, dal 1956 al 1964, la Scuola di paleografia, diplomatica e archivistica sono inagibili per motivi di sicurezza in seguito al sisma che ha colpito la provincia ferrarese nel 2012. Uffici e sala studio sono, ad oggi, concentrati nell'ala che si affaccia su via Coramari.