I Tribunali territoriali, operando in tempo di pace, giudicavano esclusivamente i reati commessi dai militari in servizio. Durante i periodi bellici invece gli stessi tribunali assumevano funzione di tribunali militari territoriali di guerra ed applicavano il codice militare di guerra. A questi ultimi si aggiungevano e talora si sovrapponevano i Tribunali militari di guerra istituiti presso i comandi delle grandi unità in cui era diviso l'esercito (armate, corpi d’armata, corpi di spedizione, altre unità eccezionalmente istituite) che avevano autorità per tutti i reati commessi dai militari e per quelli commessi dai civili contro il servizio e l’amministrazione militare.
Da un punto di vista normativo bisogna almeno ricordare il regio decreto del 18 febbraio 1869 n. 5378, con cui il Codice del 1859 fu sostituito dal nuovo Codice militare per l’esercito del Regno d’Italia, che riproduceva integralmente quello precedente ed il “Regolamento organico per il servizio dei Tribunali Militari” promulgato nel 1872.
Al netto di alcune modifiche occorse negli anni, l’amministrazione della giustizia militare, si resse sulle medesime disposizioni fino al 1915, quando l'entrata in guerra dell'Italia rese necessario moltiplicare il numero di Tribunali presenti nei vari corpi di armata e rafforzarne le funzioni per tenere sotto controllo insubordinazioni, diserzioni e ammutinamenti.
Con la fine della Grande Guerra si tornò alla situazione precedente, basata sui dodici Tribunali militari territoriali.
Con regio decreto n. 1022 del 9 settembre 1941 fu varato un nuovo ordinamento giudiziario militare,
parzialmente modificato nel dopoguerra con la legge 167 del 23 marzo 1956. Con il nuovo Codice l'amministrazione penale militare fu affidata ai Tribunali militari territoriali e al Tribunale supremo militare.
I Tribunali militari, divisi in Tribunali militari territoriali e Tribunali militari di bordo, furono istituiti presso i comandi di corpo d'armata, o presso i comandi corrispondenti delle altre forze armate dello Stato, con sede a Torino, Milano, Bologna, Verona, Trieste, Roma, Napoli, Palermo, Cagliari, La Spezia, Taranto e Zara. Essi avevano giurisdizione sui territori loro assegnati: Napoli aveva competenza per Avellino, Benevento, Salerno, Campobasso, Catanzaro, Cosenza e Reggio Calabria.
Presso ciascun tribunale militare territoriale furono costituiti un ufficio di presidenza; un ufficio del pubblico ministero composto da un procuratore militare e da uno o più vice procuratori e sostituti; un ufficio d'istruzione composto da uno o più giudici istruttori ed un ufficio di cancelleria.
Le circoscrizioni dei Tribunali militari furono riviste in più occasioni, ma sostanzialmente l'impianto restò immutato.
Una importante riforma dell'ordinamento giudiziario militare di pace fu approntata con la legge del 7 maggio 1981 n. 180: i Tribunali militari vennero assimilati a quelli ordinari e sottoposti alla stessa disciplina. Di conseguenza la legge 30 dicembre 1988 n. 561 istituì il Consiglio della magistratura militare quale organo amministrativo di autogoverno dei magistrati militari con compiti identici al Consiglio superiore della magistratura per quelli ordinari.
Con l'abolizione del servizio militare di leva in Italia e la riduzione degli organici, i Tribunali militari furono ridotti così come il numero dei componenti del Consiglio della magistratura militare (legge 24 dicembre 2007, n. 244). Furono anche soppressi in tempo di pace numerosi organi giudiziari militari, quali tribunali militari di bordo, tribunali militari presso forze armate concentrate, o presso corpi di spedizione all'estero.
L'ultima importante riforma fu approvata nel 2010 (d.lgs. n. 66): il nuovo ordinamento militare affidò il potere giurisdizionale al tribunale militare e alla Corte militare d'appello mentre il potere requirente fu assegnato alle procure militari e alla procura generale. L'organizzazione territoriale fu rivisitata, nelle città di Verona, Roma e Napoli fu istituito un Tribunale militare per sede, con altrettante procure; un Tribunale militare di sorveglianza con sede a Roma e una Corte d'appello militare sempre con sede a Roma. In seguito alla riforma la competenza per i reati militari commessi nelle regioni Molise, Campania, Puglia, Basilicata, Calabria e Sicilia fu attribuita al Tribunale militare e alla Procura militare di Napoli.