Con l’entrata in vigore del nuovo codice penale Zanardelli il 1° gennaio 1890 e con l’approvazione della prima legge relativa all’edilizia penitenziaria (l. 14 luglio 1889, n. 6165), fu emanato il nuovo Regolamento generale degli Stabilimenti carcerari e dei riformatori governativi (r.d. 1° febbraio 1891, n. 260). Nel nuovo regolamento la classificazione degli Istituti di pena fu sostituita con una nuova che prevdeva stabilimenti di prigionia preventiva, suddivisi in carceri giudiziarie centrali, succursali e mandamentali; stabilimenti di pena ordinari, suddivisi in ergastoli, case di reclusione, di detenzione e di arresto; stabilimenti di pena speciale e riformatori. Le carceri giudiziarie, presenti in ogni capoluogo, erano destinate agli inquisiti in attesa di giudizio, ai condannati alla detenzione o alla reclusione non eccedente sei mesi e ai condannati all’arresto; venivano inoltre utilizzate per custodire i condannati a qualunque pena restrittiva, che dovevano ancora essere assegnati ad un preciso stabilimento, i detenuti di passaggio e quelli infine che per i più vari motivi erano a disposizione delle Autorità di pubblica sicurezza.
I penitenziari, tutti governativi, erano stati sottoposti dal 1861 alla dipendenza del Ministero dell’interno in virtù del r.d. 9 ottobre 1861, n. 255 con il quale, in sostituzione dell’Ispettorato generale del Regno sardo, fu istituita una Direzione generale delle carceri e contestualmente aboliti tutti gli uffici centrali esistenti aventi le medesime funzioni presso gli stati preunitari. Successivamente con r.d. 31 dicembre 1922, n. 1718, passarono alle dipendenze del Ministero della giustizia e degli affari di culto, mentre con il r.d. 5 aprile 1928, n. 828 la Direzione generale delle carceri e dei riformatori assunse la nuova denominazione di Direzione generale per gli istituti di prevenzione e di pena.
Il sistema penitenziario fu rivisto in epoca fascista, con il r.d. 18 giugno 1931, n. 787 che non modificò di molto l’impianto strutturale esistente, mentre la riforma di età repubblicana, l. 26 luglio 1975 n. 354, Norme sull’ordinamento penitenziario e sulla esecuzione delle misure privative e limitative della libertà, che con i successivi aggiornamenti è ancora in vigore, ha distinto gli istituti per adulti in quattro categorie: istituti di custodia preventiva, istituti per l’esecuzione delle pene, per l’esecuzione delle misure di sicurezza e centri di osservazioni. Nelle case circondariali, istituite nei capoluoghi di circondario, era prevista la detenzione di persone in attesa di giudizio e quelle condannate a pene inferiori ai cinque anni, o con un residuo di pena inferiore ai cinque anni; e la custodia di persone fermate o arrestate dall’autorità di pubblica sicurezza o dagli organi di polizia giudiziaria, i detenuti e gli internati in transito.
Nel 1991 la Casa circondariale di Modena fu trasferita dal convento di Sant’Eufemia, oggi sede universitaria, alla nuova sede in strada Sant'Anna realizzata nel 1984 e inaugurata nel 1991. Il carcere, con 369 posti regolamentari, è suddiviso in dodici sezioni detentive maschili ed una femminile. Tre delle sezioni maschili sono destinate alla detenzione di persone imputate, tre ai detenuti condannati definitivamente a "custodia aperta", una alla "custodia chiusa", due ai detenuti "sex offenders" a "custodia aperta", una all'accoglienza dei "nuovi giunti", una a detenuti semiliberi o ammessi al lavoro all'esterno o dimittendi, una all'esecuzione dell'isolamento giudiziario, disciplinare o sanitario.